vendredi 24 juillet 2009

Ton protocole, il est moche !

Ce billet s'adresse:

  • aux citoyens responsables qui veulent déjouer les complots internationaux
  • aux anti-OGMs
  • aux pro-OGMs
  • aux personnes atteintes d'hypersensibilités dues aux ondes des antennes de relais pour téléphones portables
  • aux gens qui s'ennuient
  • aux créationnistes
  • aux détraqués pathologiques de tout poil, plus spécialement à ceux qui ont évité l'enfermement à l'hôpital psychiatrique en mettant en avant les fautes de ponctuations contenues dans le certificat préparé par leur psychiatre.
Comme le nom de ce billet l'indique, je vais parler de protocole. Bon déjà, c'est quoi, ça se trouve où, comment ça se critique et dans quel intérêt ?

Alors déjà, le protocole est un élément d'un ensemble plus vaste qui s'appelle un article scientifique. C'est à peu comme un article de journal normal, mais la parenté est plus éloignée que ce qu'il semble au premier abord.

Exemple de journal normal: Science et truc publie un article sur la physique quantique. Mr tout le monde comprends ce qu'il y a de dedans, science et truc est publié dans la langue du pays où il est vendu et fait des rappels sur les notions élémentaires comme le chat de Mr Schröedinger, y rajoute quelques encadrés et photos pour faire joli. Un gars est payé pour écrire l'article (sauf si c'est un stagiaire, mais on ne va pas faire toutes les subtilités sinon nous y sommes encore demain).

Bon, là je pense que je n'apprends rien à personne (ou alors sans vouloir vous offenser, il est urgent de s'y mettre car les articles scientifiques sont beaucoup plus compliqués).

Exemple de journal scientifique: Pour les citer nommément: Science, Nature, Genetics... il doit en exister des centaines en cumulant toutes les disciplines scientifiques. Certaines sont très généralistes et vont publier des choses sur les mathématiques, la biologie et la physique dans le même numéro, d'autres vont être spécialisés dans la recherche sur le cancer, d'autres l'étude des bryophytes (aussi appelés les mousses et les lichens ou machins verdâtres et dégueulasses sur ma barrière selon le contexte).
Ces publications sont donc l'endroit où vous trouvez les fameux protocoles dont nous allons parler. Elles ont plusieurs caractéristiques qu'il convient de connaitre avant d'aller plus loin :

  • Elles sont publiés à 99% en anglais (enfin, j'avance ce chiffre sans étude derrière... Mais je ne dois pas être loin de la réalité)
  • Elles sont introuvables dans les kiosques à journaux car de toute façon elles effrairaient le badeau plus qu'autre chose: un théorème de Taylor-Lagrange revisité dans le plus simple appareil en couverture, ça peut attirer les mathématiciens à des kilomètres à la ronde, mais ça fait fuir également tout les amateurs de temps de cerveau disponibles.
  • Elles ont une structure qui varie assez peu: Introduction, explications de la manipulation et protocoles, résultats, conclusions et références aux articles précédents qui ont influencé les auteurs (liste qui atteint facilement une page format A4 écrite en petit caractère).
  • Elles sont hyper méga importantes pour les scientifiques. Beaucoup plus que ce ne sont les journaux d'information quotidienne pour les simples citoyens (ou plus exactement, les types en blouse blanche savent pertinnement que c'est la fin des haricots s'ils les ignorent)
Je m'explique: Si un scientifique invente l'eau en poudre, il va falloir que les collègues du monde entier soit au courant, et dans le détail. Oh, il peut aussi faire passer l'info à des journaux à sensations (wouah ! on a inventé l'eau en poudre) mais si Obama éternue en même temps, c'est mort.
Et puis comme il sait que ses collègues sont des chieurs, ceux-ci voudront le protocole pour vérifier qu'il ne raconte pas n'importe quoi (tiens, donc vous dites avoir inventé l'eau en poudre. Les départements de Physique des universités de Harvard, Hon-Kong et Lille 1 vont vérifié que vous n'avez pas abusé de dioxygène sous pression...)
et encore, un comité scientifique s'est déjà réuni lors de l'envoi de l'article pour s'assurer que ce n'était pas un canular.
Bref, le protocole rends les expériences reproductibles mais en plus sa pertinence permet de s'assurer que le scientifique n'a pas fait n'importe quoi.

Exemple: Un sociologue fait une étude sur le sex-appeal du président et trouve un enthousiasme énorme parmi la gens fémine. Il veut faire part de ses résultats à une revue spécialisée en sociologie. Il est retoqué car il a pris 10 personnes pour son sondage qui plus est juste en face de la permanence UMP de Neuilly un soir d'élection.

(je n'ai pas ici spécialement envie de taper sur l'UMP, c'est juste qu'étant un parti très monolitique il se prête bien à ce genre de caricature).

Autre caractéristique des articles scientifiques: Ils peuvent être retiré de la publication. C'est quoi cette histoire ? Vous imaginez, vous, ce qu'il se passerait si on devait retirer un article d'un journal à chaque fois qu'un journaliste se soit trompé ? Non seulement comme dirons les mauvais esprits, on serait encore là l'an prochain, mais en plus l'intérêt est limité: Que le président Obama ait seulement toussé au lieu d'éternué, deux semaines après tout le monde s'en fout, alors ce n'est pas la peine d'en faire un scandale international.

Lorsqu'un article est retiré, c'est grave: ça veut généralement dire que l'expérience est irreproductible. Si elle est irreproductible, c'est qu'elle est fausse ou falsifiée. Ou que par la grâce du Saint-esprit quelque chose s'est produit, mais s'il dédaigne se manifester à chaque fois, ça ne vaut pas tripette.
Exemple: lors de la fausse annonce du clonage de cellules embryonnaires humaines par l'équipe coréenne du docteur Whang, c'est le fait que l'expérience ait été retentée un peu partout dans le monde sans succès qui a mit la puce à l'oreille des chercheurs (ça plus des données bâclées, mais ce n'est pas le morceau qui nous intéresse).

Maintenant donc vous devez voir un peu où je veux en venir: Pour taper dans une expérience il faut taper dans le protocole. Attention cela dit à ne pas le faire n'importe comment sinon vous aurez juste l'air ridicule, ce qui n'est pas le but recherché.

Naturellement, il y a plusieurs façon de faire:

_les témoins: Ils ont une grande importance pour évaluer les résultats d'une expérience: Par exemple, vous testez un médicament sur des rats : vous pouvez faire un lot témoin à qui on ne fait rien et un autre à qui vous injectez régulièrement un produit (de l'insuline ou un antibiotique, peu importe). Avez-vous pensé qu'il pouvait y avoir une réaction due au simple fais de la piqûre ? Il vous faut un troisième lot de rat à qui vous ferez une piqûre avec un truc inoffensif avant de conclure.

_les calculs: Les formules de stats restent un domaine sujet à trituration: Ainsi, pour comparer des échantillons entre eux il y a parfois plusieurs manières de faire et la plupart du temps, on obtient des résultats semblables (encore heureux). Mais parfois la marge est ténue et il faut se résoudre à choisir une méthode plutôt qu'une autre. Heureusement, on sait à peu près lesquels sont plus rigoureuses (et elles sont en général plus casse-pied aussi).
Si vous n'avez pas le niveau en statistique suffisant pour insinuer mesquinement que l'auteur de l'article ne sait pas faire son métier, il vous reste une solution: le nombre de sujet de l'expérience. Si pour une étude sur des OGMs vous utilisez cinquantes rats, ça fait moins sérieux que si vous utiliser des lots de deux cents.

_les cobayes: là il ne s'agit pas tout à fait de dire qu'une étude est fausse mais qu'elle n'est pas transposable. Exemple: prenez de la toxine Bt (issue d'une bactérie appelée Bacillium thurengensis), imprégnez-en des feuilles de choux et donnez les à manger à des chenilles de piérides du choux. Elles meurent. En donnerez-vous à vos enfants ? Là comme ça, y a pas de quoi conclure. En effet, on ne sait pas comment la toxine Bt tue les chenilles ici. Bon, je vous donne la réponse: elle lyse certains pores intestinaux spécifiques et les insectes se déshydratent.
D'ailleurs, comme c'est une substance produite par un être vivant, elle est autorisée en agriculture biologique.
Bis repetita, comme c'est une substance produite par un être vivant, elle est codée sous forme de gènes dans la cellule et peut donc être transposée dans une cellule d'un autre organisme pour donner ... un OGM. Le mais Bt contient donc la même séquence que celle épandue sur les champs bio (à quelques nuances près, la structure finale de la molécule ne serait pas la même...)

D'ailleurs les protocoles constituent un beau terrain de jeu entre pro et anti-OGM. C'est à qui accusera l'autre de ne pas faire preuve de neutralité scientifique, de bâcler ses études et ainsi de suite. Sur ce coup là les deux camps sont à peu près à égalité. Mais là je m'égare.

Autre possibilité: Tout le champ de votre imagination mesquine et frustrée. Mais c'est là où vous risquez le plus de vous rendre ridicule, à manipuler avec précaution.

Exemple ( a priori véridique): L'expérience des phalènes du bouleau noires et blanches mangées par des oiseaux en fonction de la couleur des troncs, ça vous dit quelque chose ?
Un type avait contesté l'expérience en faisant remarqué que les papillons étaient toujours relâchés au même endroit et que les oiseaux avaient du apprendre à identifier le lieu du banquet et que les statistiques de mortalités devaient être exagérée et qu'à partir de là, l'expérience était fausse.
Ok, le comportement des oiseaux n'étaient peut-être pas exactement celui attendu, mais ce point n'est pas important dans la mesure où la proportion noirs/blancs détruits n'est sans doute pas différente de la réalité.


Note: d'ailleurs même parmi les tenants de l'évolution, l'expérience des phalènes ne fait pas exactement l'unanimité... Voir ce document enfin des preuves d'une sélection naturelle, je pense qu'on en a maintenant des plus solides, surtout depuis l'avènement de la génétique :)

Evidemment, il y a des cas d'expérience scientifique où prouver la véracité d'un protocole est plus complexe, notamment pour les expériences faisant appel à du matériel de pointes ou des données difficiles à collecter. Mais du moment où chaque nouvelle expérience se construit sur les précédentes, on peut raisonnablement espérer qu'assez peu ne soit assez stupide ou desespéré pour tricher... Reste bien à ne pas être pressé comme un citron par la paie au prix du kilo d'article publié.

4 commentaires:

  1. Epeire,
    Je commence à bien te cerner. Et j'aime. J'aurais aimé avoir une fille comme toi.
    Oui, la complexité des choses est devenue telle qu'il faut passer par des canevas, des protocoles, des structures qui auraient encore chez les vieux de l'informatique, un relent de flowchart avec les tenants (input) et les aboutissants (output), et un traitement au milieu.
    Avant cela avait une importance primordiale de savoir où on allait et par quel moyen on le faisait.
    Alors, on m'a dit « il y a les objets » (les « objects » pour les anglophones). Ce qui allait tout régler sans plus y penser.
    Il faut bien construire la tour de Babel ou le château de cartes.
    La science a fait des pas de géants. Par quel moyen? A cause d'Internet qui laisse entrevoir un peu ce qui s'y trame, avec l'aide aussi des vulgarisateurs, qui ont un rôle de promotion indéniable.
    La science ne peut pas rester dans les seules mains des scientifiques. Il faut des généralistes aussi.
    Il y en a de moins en moins. Il faut se spécialiser à outrance. Alors, on devient en médecine, le spécialiste de auriculaire gauche, et de sa 2ème phalange.
    J'ai connu cela en informatique. On cherche de plus en plus des gens qui voient encore à 360° et qui peuvent sans beaucoup détails orienter une discussion.
    J'ai été un « généraliste ». Jamais intéressé par le détail de savoir que la zone n°243 contenait telle information ou non. Je regardais l'enregistrement dans son ensemble avec les clés d'accès.
    La science, c'est pareil. J'ai cette fibre scientifique dans une de mes plaquettes dans le crâne. Donc je sais.
    « Taper dans le protocole »
    Oui, parfois. Trouver un chemin de travers par l'originalité, c'est mieux.
    J'ai eu des expériences de la sorte, où il fallait trouver une solution rapidement.
    Dans un service « pompier » tel que l'IT, il en faut sous peine de rester caler sur le problème.
    Oui, les tests, il faut aller au fond et toujours les recommencer même « si l'on n'a rien changé », selon la formule consacrée.
    Il faut seulement bien comprendre la différence entre « urgent » et « important ».
    Voilà, un peu d'expérience perso, d 'un vieux de la veille.
    Morice a entamé une saga parallèle d'histoire.
    Je suis à l'écoute et toujours critique.

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  2. Je ne sais si tu as lu cela
    http://www.agoravox.fr/tribune-libre/article/dieu-tu-merdes-54783

    puis ceci puisque tu parles d'anglais
    http://www.agoravox.fr/tribune-libre/article/dieu-tu-merdes-54783

    http://www.agoravox.fr/tribune-libre/article/la-fabrique-du-creationniste-59563

    Les coms de l'enfoiré ne font jamais dans la pommade ou la cire à reluire.

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  3. tiens, merci, sans toi j'aurais raté le dernier sur les créationnistes. Assez occupée au boulot ce matin, j'ai failli rater ça :]

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  4. Là, avec ton commentaire, tout est devenu clair et logique, comme tu dis.
    J'ai confirmé.

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